Paket: r-bioc-dropletutils (1.26.0+ds-2 und andere)

[ Quellcode: r-bioc-dropletutils  ]

BioConductor utilities for handling single-cell droplet data

Provides a number of utility functions for handling single-cell (RNA-seq) data from droplet technologies such as 10X Genomics. This includes data loading from count matrices or molecule information files, identification of cells from empty droplets, removal of barcode-swapped pseudo-cells, and downsampling of the count matrix.

Andere Pakete mit Bezug zu r-bioc-dropletutils

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [nicht alpha, ia64, riscv64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht alpha, hppa, ia64, riscv64, sh4, sparc64]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libhdf5-103-1 [x32]

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libhdf5-103-1t64 [hppa, ia64, sh4]

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libhdf5-cpp-103-1 (>= 1.10.5) [x32]

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C++-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libhdf5-cpp-103-1t64 (>= 1.10.5) [hppa, ia64, sh4]

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C++-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libhdf5-cpp-310 (>= 1.14.3) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C++-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [x32]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: r-api-4.0

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

  Paket nicht verfügbar

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]

  Paket nicht verfügbar

• dep: r-api-bioc-3.20 [nicht hppa, ia64, sh4, x32]

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]

  GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern

• dep: r-bioc-beachmat

  I/O for several formats storing matrix data

• dep: r-bioc-biocgenerics

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-delayedarray [hppa, ia64, sh4, x32]

  BioConductor delayed operations on array-like objects

  dep: r-bioc-delayedarray (>= 0.31.9) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]

• dep: r-bioc-delayedmatrixstats

  Functions on Rows and Columns of 'DelayedMatrix' Objects

• dep: r-bioc-edger

  Empirische Analyse von digitalen Genexpressionsdaten mit R

• dep: r-bioc-genomicranges

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-hdf5array

  HDF5 backend for DelayedArray objects

• dep: r-bioc-iranges

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-bioc-rhdf5

  BioConductor HDF5 interface to R

• dep: r-bioc-rhdf5lib

  GNU R hdf5 library

• dep: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-scuttle

  BioConductor single-cell RNA-Seq analysis utilities

• dep: r-bioc-singlecellexperiment

  S4 Classes for Single Cell Data

• dep: r-bioc-sparsearray (>= 1.5.18) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]

  efficient in-memory representation of multidimensional sparse arrays

• dep: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• dep: r-cran-bh

  (Virtual) GNU R package to provide BH

• dep: r-cran-dqrng

  GNU R fast pseudo random number generators

• dep: r-cran-matrix

  GNU R - Paket von Klassen für dicht und dünn besetzte Matrizen

• dep: r-cran-r.utils

  GNU R various programming utilities

• dep: r-cran-rcpp

  GNU-R-Paket für die nahtlose Verflechtung von R und C++

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  Konvertierung von R-Markdown-Dokumenten in verschiedene Formate

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

r-bioc-dropletutils herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.26.0+ds-2	393,3 kB	833,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.26.0+ds-2	401,4 kB	765,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.26.0+ds-2	384,0 kB	769,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.22.0+ds-1+b1	384,2 kB	775,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.22.0+ds-1+b1	404,7 kB	1.078,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.26.0+ds-2	382,6 kB	859,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.26.0+ds-2	401,7 kB	901,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.26.0+ds-2	400,8 kB	897,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.26.0+ds-2	400,7 kB	688,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.26.0+ds-2	401,3 kB	785,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.22.0+ds-1+b1	400,3 kB	760,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.26.0+ds-2	375,5 kB	1.416,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.18.1+ds-1	380,4 kB	693,0 kB	[Liste der Dateien]