Pakiet: busco (5.5.0-3 i inne)

[ Pakiet źródłowy: busco  ]

Porównywanie zestawów uniwersalnych ortologów jednokopiowych

Ocena złożenia genomu i kompletności adnotacji za pomocą BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs - Porównywania uniwersalnych ortologów jednokopiowych).

 * Automatyczny wybór linii rodowych z https://www.orthodb.org/.
 * Automatyczne pobieranie wszystkich niezbędnych plików i zestawów
   danych do przeprowadzenia przebiegu.
 * Stosowanie narzędzia prodigal dla genomów nieeukariotycznych.

Inne pakiety związane z busco

• dep: bbmap

  BBTools genomic aligner and other tools for short sequences

• dep: hmmer

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis

• dep: prodigal

  Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-pandas

  data structures for "relational" or "labeled" data

Pobieranie busco

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	5.5.0-2	286,0 KiB	1 236,0 KiB	[lista plików]
amd64	5.5.0-3	286,0 KiB	1 236,0 KiB	[lista plików]
arm64	5.5.0-3	286,0 KiB	1 236,0 KiB	[lista plików]
i386	5.5.0-3	286,0 KiB	1 236,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	5.5.0-3	286,0 KiB	1 236,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	5.5.0-2	286,0 KiB	1 236,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	5.5.0-3	286,0 KiB	1 236,0 KiB	[lista plików]