パッケージ: busco (5.5.0-3 など)

[ ソース: busco  ]

benchmarking sets of universal single-copy orthologs

Assessing genome assembly and annotation completeness with Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).

 * Automated selection of lineages issued from https://www.orthodb.org/
 * Automated download of all necessary files and datasets to conduct a run
 * Use prodigal for non-eukaryotic genomes

その他の busco 関連パッケージ

• dep: bbmap

  BBTools genomic aligner and other tools for short sequences

• dep: hmmer

  タンパク質配列解析用のプロファイル隠れマルコフモデル

• dep: prodigal

  Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-pandas

  data structures for "relational" or "labeled" data

busco のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	5.5.0-2	286.0 kB	1,236.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	5.5.0-3	286.0 kB	1,236.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	5.5.0-3	286.0 kB	1,236.0 kB	[ファイル一覧]
i386	5.5.0-3	286.0 kB	1,236.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	5.5.0-3	286.0 kB	1,236.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	5.5.0-2	286.0 kB	1,236.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	5.5.0-3	286.0 kB	1,236.0 kB	[ファイル一覧]