Пакунок: vcfanno (0.3.5+ds-1 and others)

[ Source: vcfanno  ]

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

Vcfanno allows you to quickly annotate your VCF with any number of INFO fields from any number of VCFs or BED files. It uses a simple conf file to allow the user to specify the source annotation files and fields and how they will be added to the info of the query VCF.

  * For VCF, values are pulled by name from the INFO field with special
    cases of ID and FILTER to pull from those VCF columns.
  * For BED, values are pulled from (1-based) column number.
  * For BAM, depth (count), "mapq" and "seq" are currently supported.

Vcfanno is written in go and it supports custom user-scripts written in Lua. It can annotate more than 8000 variants per second with 34 annotations from 9 files on a modest laptop and over 30K variants per second using 12 processes on a server.

Інші пакунки пов'язані з vcfanno

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

Завантажити vcfanno

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	0.3.5+ds-1+b3	2,195.4 kB	6,551.0 kB	[список файлів]
arm64	0.3.5+ds-1+b3	1,875.2 kB	6,239.0 kB	[список файлів]
armel	0.3.5+ds-1+b3	1,879.8 kB	6,297.0 kB	[список файлів]
armhf	0.3.5+ds-1+b3	1,870.9 kB	6,257.0 kB	[список файлів]
i386	0.3.5+ds-1+b3	2,046.4 kB	6,327.0 kB	[список файлів]
mips64el	0.3.5+ds-1+b3	1,695.5 kB	7,154.0 kB	[список файлів]
mipsel	0.3.5+ds-1+b3	1,730.1 kB	7,041.0 kB	[список файлів]
ppc64el	0.3.5+ds-1+b3	1,834.2 kB	6,238.0 kB	[список файлів]
s390x	0.3.5+ds-1+b3	2,007.4 kB	6,819.0 kB	[список файлів]