パッケージ: cd-hit (4.8.1-4 など)

[ ソース: cd-hit  ]

suite of programs designed to quickly group sequences

cd-hit contains a number of programs designed to quickly group sequences. cd-hit groups proteins into clusters that meet a user-defined similarity threshold. cd-hit-est is similar to cd-hit, but designed to group nucleotide sequences (without introns). cd-hit-est-2d is similar to cd-hit-2d but designed to compare two nucleotide datasets. A number of other related programs are also in this package. Please see the cd-hit user manual, also part of this package, for further information.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c++, implemented-in::perl, ユーザインタフェース: コマンドライン, 役割: role::program, use::comparing, 取り扱い対象: 生物学的配列

その他の cd-hit 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [amd64, arm64, ppc64el, riscv64 以外]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, i386, riscv64 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [arm64, riscv64 以外]

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

cd-hit のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	4.8.1-4	510.3 kB	1,411.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	4.8.1-4+b1	496.6 kB	1,428.0 kB	[ファイル一覧]
armel	4.8.1-4	491.0 kB	1,319.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	4.8.1-4	487.6 kB	1,111.0 kB	[ファイル一覧]
i386	4.8.1-4	511.4 kB	1,477.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	4.8.1-4	510.9 kB	1,588.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	4.8.1-4	508.7 kB	1,813.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	4.8.1-4+b1	505.5 kB	1,236.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	4.8.1-4	496.6 kB	1,429.0 kB	[ファイル一覧]