Paquet : cd-hit (4.8.1-4 et autres)

[ Paquet source : cd-hit  ]

suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences

cd-hit contient un certain nombre de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences. cd-hit groupe les protéines en grappes qui satisfont à un seuil de similitudes défini par l'utilisateur. cd-hit-est est similaire à cd-hit, mais conçu pour grouper des séquences (sans introns). cd-hit-est-2d est similaire à cd-hit-2d mais conçu pour comparer 2 ensembles de données de nucléotides. Un certain nombre d'autres programmes associés sont aussi dans ce paquet. De plus amples informations se trouvent dans le manuel utilisateur de cd-hit, qui se trouve dans ce paquet.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, implemented-in::perl, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::program, use::comparing, Fonctionne avec: Séquence biologique

Autres paquets associés à cd-hit

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [non amd64, arm64, ppc64el, riscv64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, i386, riscv64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [non arm64, riscv64]

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger cd-hit

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	4.8.1-4	510,3 ko	1 411,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	4.8.1-4+b1	496,6 ko	1 428,0 ko	[liste des fichiers]
armel	4.8.1-4	491,0 ko	1 319,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	4.8.1-4	487,6 ko	1 111,0 ko	[liste des fichiers]
i386	4.8.1-4	511,4 ko	1 477,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	4.8.1-4	510,9 ko	1 588,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	4.8.1-4	508,7 ko	1 813,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	4.8.1-4+b1	505,5 ko	1 236,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	4.8.1-4	496,6 ko	1 429,0 ko	[liste des fichiers]