パッケージ: stringtie (2.2.1+ds-2)

[ ソース: stringtie  ]

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

その他の stringtie 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.33)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, i386, mips64el, mipsel]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libhts3 (>= 1.13)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• rec: stringtie-examples

  パッケージは利用できません

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

stringtie のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	387.2 kB	997.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	337.6 kB	937.0 kB	[ファイル一覧]
armel	334.3 kB	952.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	342.1 kB	664.0 kB	[ファイル一覧]
i386	418.0 kB	1,244.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	348.1 kB	1,159.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	349.4 kB	1,176.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	401.3 kB	1,245.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	350.1 kB	1,053.0 kB	[ファイル一覧]