パッケージ: freecontact (1.0.21-13)

[ ソース: freecontact  ]

fast protein contact predictor

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the command line tool freecontact(1).

その他の freecontact 関連パッケージ

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0+ds1)

  C++ 用プログラムオプションライブラリ

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libfreecontact0v5 (>= 1.0.21)

  fast protein contact predictor library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: libxerces-c3.2

  validating XML parser library for C++

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• sug: bash-completion

  bash シェル用のプログラム可能な補完機能

• sug: hhsuite

  sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment

• sug: hmmer

  タンパク質配列解析用のプロファイル隠れマルコフモデル

freecontact のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	360.1 kB	1,734.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	324.7 kB	1,698.0 kB	[ファイル一覧]
armel	309.5 kB	1,537.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	313.2 kB	1,257.0 kB	[ファイル一覧]
i386	372.4 kB	1,781.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	349.5 kB	2,443.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	348.7 kB	2,281.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	357.8 kB	2,082.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	325.3 kB	1,758.0 kB	[ファイル一覧]