パッケージ: autodock (4.2.6-9 など)

[ ソース: autodocksuite  ]

タンパク質構造に結合するリガンドの分析ツール

AutoDock は、かなり小さいリガンド化学物質がかなり大きな受容体タンパク質への ドッキングする様子のシミュレーションを処理するプログラム群の代表パッケージ です。以前のバージョンでは、配位子はすべての柔軟性を持っているのに対して、 タンパク質は比較的剛直でした。この最新バージョン 4 は、表面残基の側鎖を選択 して柔軟性を持たせることができます。すなわち、回転異性体を考慮に入れること ができます。

AutoDock プログラムは、ターゲットタンパク質を記述するグリッド・セットへのリ ガンドの結合を処理します。このグリッドは AutoGrid により事前に計算されます。

タグ: 分野: 生物学, 構造生物学, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::analysing, works-with-format::TODO, 取り扱い対象: 3D モデル, 追加のタグが必要

その他の autodock 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29) [alpha, arm64, ia64, loong64, riscv64, sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.33) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [alpha, amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, s390x, sparc64, x32]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• sug: autogrid

  リガンドの受容体への結合を事前計算

autodock のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	4.2.6-9	176.2 kB	460.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	4.2.6-9	163.5 kB	411.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	4.2.6-9+b2	162.4 kB	433.0 kB	[ファイル一覧]
armel	4.2.6-9	156.7 kB	403.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	4.2.6-9	151.7 kB	315.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	4.2.6-9	169.2 kB	396.0 kB	[ファイル一覧]
i386	4.2.6-9	161.5 kB	411.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	4.2.6-9	218.2 kB	788.0 kB	[ファイル一覧]
loong64 (非公式の移植版)	4.2.6-9	161.0 kB	417.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	4.2.6-9	157.0 kB	455.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	4.2.6-9	165.0 kB	460.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	4.2.6-9	164.6 kB	499.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	4.2.6-9	164.4 kB	435.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	4.2.6-9+b2	173.4 kB	373.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	4.2.6-9	149.3 kB	395.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	4.2.6-9	197.2 kB	388.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	4.2.6-9	162.7 kB	470.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	4.2.6-9	163.3 kB	399.0 kB	[ファイル一覧]