Package: autodock (4.2.6-9 and others)

[ Source: autodocksuite  ]

Analyzátor uspořádání ligand proteinových struktur

AutoDock je prvním typickým programem provádějícím simulace uspořádání malých chemických ligand do větších receptorů bílkovin. U předchozích verzí byl kladen důraz především na ligandy než na proteiny. Poslední verze 4 používá k uspořádání vybraných řetězců také určité pružnosti, např. bere v potaz tzv. rotamery.

Program AutoDock provádí uspořádání ligand do množin popisujících cílový protein. AutoGrid vypočítává právě tyto uspořádání.

Tags: Field: Biology, Structural Biology, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::analysing, works-with-format::TODO, Works with: 3D Model, Need an extra tag

Other Packages Related to autodock

• dep: libc6 (>= 2.29) [not alpha, arm64, ia64, loong64, riscv64, sh4]

  Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.33) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [alpha, amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, s390x, sparc64, x32]

  Knihovna pro překladač GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Knihovna pro překladač GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Knihovna pro překladač GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ Library v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• sug: autogrid

  Předvýpočty vazby ligandu k receptoru

Download autodock

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	4.2.6-9	176.2 kB	460.0 kB	[list of files]
amd64	4.2.6-9	163.5 kB	411.0 kB	[list of files]
arm64	4.2.6-9+b2	162.4 kB	433.0 kB	[list of files]
armel	4.2.6-9	156.7 kB	403.0 kB	[list of files]
armhf	4.2.6-9	151.7 kB	315.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	4.2.6-9	169.2 kB	396.0 kB	[list of files]
i386	4.2.6-9	161.5 kB	411.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	4.2.6-9	218.2 kB	788.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	4.2.6-9	161.0 kB	417.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	4.2.6-9	157.0 kB	455.0 kB	[list of files]
mips64el	4.2.6-9	165.0 kB	460.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	4.2.6-9	164.6 kB	499.0 kB	[list of files]
ppc64el	4.2.6-9	164.4 kB	435.0 kB	[list of files]
riscv64	4.2.6-9+b2	173.4 kB	373.0 kB	[list of files]
s390x	4.2.6-9	149.3 kB	395.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	4.2.6-9	197.2 kB	388.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	4.2.6-9	162.7 kB	470.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	4.2.6-9	163.3 kB	399.0 kB	[list of files]