Package: ariba (2.14.7+ds-5)

[ Source: ariba  ]

identificazione della resistenza agli antibiotici tramite assemblati

ARIBA (Antibiotic Resistance Identification By Assembly) è uno strumento che identifica i geni della resistenza agli antibiotici eseguendo assemblati locali. L'input è un file FASTA di geni di riferimento e letture di sequenziamento accoppiate. ARIBA riferisce quali dei geni di riferimento sono stati trovati, più informazioni dettagliate sulla qualità degli assemblati e qualsiasi variante tra le letture di sequenziamento e i geni di riferimento.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, User Interface: Command Line, Role: role::program, scope::application, Purpose: Analysing

Other Packages Related to ariba

• dep: bowtie2

  allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente

• dep: cd-hit

  suite di programmi progettati per raggruppare velocemente sequenze

• dep: fastaq

  strumenti per manipolare file FASTA e FASTQ

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [mips64el]

• dep: libfml0 (>= 0.1)

  libreria per assemblare letture corte Illumina in regioni piccole

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libminimap0 (>= 0.2)

  libreria per mappatura approssimata di biosequenze lunghe

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: mash

  veloce stima di distanze in genoma e metagenoma usando MinHash

• dep: mummer

  Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

  dep: python3 (<< 3.14)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-biopython

  libreria Python 3 per bioinformatica

• dep: python3-bs4 (>= 4.1.0)

  analizzatore HTML tollerante agli errori per Python 3

• dep: python3-dendropy

  libreria di calcolo filogenetico DendroPy (Python 3)

• dep: python3-matplotlib

  sistema di tracciamento grafici basato su Python in uno stile simile a Matlab

• dep: python3-pymummer

  interfaccia Python 3 per MUMmer

• dep: python3-pysam

  interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)

• dep: python3-tk

  Tkinter - scrittura di applicazioni Tk con Python 3.x

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

• sug: spades

  assemblatore di genomi per singola-cellula e insiemi di dati di isolati

Download ariba

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,911.4 kB	20,596.0 kB	[list of files]
arm64	1,906.3 kB	20,732.0 kB	[list of files]
mips64el	1,908.9 kB	20,740.0 kB	[list of files]
ppc64el	1,910.6 kB	20,732.0 kB	[list of files]
riscv64	1,909.3 kB	20,524.0 kB	[list of files]