Paquet : ariba (2.14.7+ds-4)

[ Paquet source : ariba  ]

identification de résistance antibiotique par assemblage

ARIBA est un outil identifiant les gènes de résistance antibiotique en lançant des assemblages locaux. L'entrée est un fichier FASTA de gènes de référence et de lectures de séquençages appairés. ARIBA rapporte les gènes de référence trouvés ainsi que des informations supplémentaires sur la qualité des assemblages et de toutes les variantes entre les lectures de séquençage et les gènes de référence.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::program, scope::application, But: Analyse

Autres paquets associés à ariba

• dep: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• dep: cd-hit

  suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences

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  outils de manipulation de fichiers FASTA ou FASTQ

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [mips64el]

• dep: libfml0 (>= 0.1)

  library for assembling Illumina short reads in small regions

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libminimap0 (>= 0.2)

  library for approximate mapping of long biosequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: mash

  estimation rapide de distance entre génomes et métagénomes utilisant MinHash

• dep: mummer

  Alignement de séquence efficace de génomes complets

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (<< 3.13)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• dep: python3-bs4 (>= 4.1.0)

  error-tolerant HTML parser for Python 3

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

• dep: python3-matplotlib

  système de traçage basé sur Python dans un style similaire à celui Matlab

• dep: python3-pymummer

  Python 3 interface to MUMmer

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-tk

  Tkinter - Writing Tk applications with Python 3.x

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: spades

  assembleur génomique pour des ensembles de données de « single-cell » et « isolates »

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1 910,7 ko	20 463,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1 905,6 ko	20 531,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1 907,3 ko	20 535,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1 909,9 ko	20 531,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1 908,7 ko	20 427,0 ko	[liste des fichiers]