Package: python3-pairtools (1.1.2-1 and others)

[ Source: pairtools  ]

infrastruttura per elaborare dati di sequenziamento da un esperimento Hi-C

Semplice e veloce infrastruttura a riga di comando per elaborare dati di sequenziamento da un esperimento Hi-C.

Elabora allineamenti di sequenze a terminali appaiati ed effettua le seguenti operazioni:

 - rileva giunzioni di legatura (alias coppie Hi-C) in sequenze allineate,
   a terminali accoppiati, di molecole di DNA Hi-C;
 - ordina file .pairs per analisi successive;
 - rileva, applica tag e rimuove duplicati di PCR/ottici;
 - genera statistiche esaurienti su insiemi di dati Hi-C;
 - seleziona coppie Hi-C in base a criteri definiti in modo flessibile;
 - ripristina allineamenti .sam da coppie Hi-C.

Other Packages Related to python3-pairtools

• dep: cython3 [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  estensioni C per Python 3

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [alpha, amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, sh4]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [not hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.11) [ia64, x32]

  dep: python3 (<< 3.12) [hppa, ppc64, sparc64]

  dep: python3 (<< 3.13) [alpha]

  dep: python3 (<< 3.14) [not alpha, hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  dep: python3 (>= 3.12~) [not hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

• dep: python3-bioframe [not hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes

• dep: python3-click

  kit per la creazione di interfacce a riga di comando - Python 3.x

• dep: python3-nose [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  scoperta ed esecuzione di test per test di unità di Python3

• dep: python3-numpy (>= 1:1.20.0) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

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  dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0) [not hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

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• dep: python3-yaml [not hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  analizzatore ed emettitore YAML per Python 3

• sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)

  infrastruttura per elaborare dati di sequenziamento da un esperimento Hi-C (esempi)

Download python3-pairtools

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.0.3-1+b1	178.1 kB	895.0 kB	[list of files]
amd64	1.1.2-1	255.8 kB	1,272.0 kB	[list of files]
arm64	1.1.2-1	227.4 kB	1,456.0 kB	[list of files]
armel	1.1.2-1	233.3 kB	1,312.0 kB	[list of files]
armhf	1.1.2-1	233.1 kB	1,056.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	0.3.0-3.2+b2	144.6 kB	640.0 kB	[list of files]
i386	1.1.2-1	247.0 kB	1,262.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	0.3.0-3.2+b1	137.3 kB	612.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.1.2-1	216.9 kB	1,096.0 kB	[list of files]
mips64el	1.1.2-1	219.9 kB	1,482.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	0.3.0-3.2+b2	146.6 kB	752.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.1.2-1	239.6 kB	1,584.0 kB	[list of files]
riscv64	1.1.2-1	249.8 kB	1,056.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.1.2-1	279.6 kB	1,312.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0.3.0-3.2+b2	125.9 kB	2,292.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	0.3.0-3.2+b1	121.6 kB	405.0 kB	[list of files]