[ ソース: pairtools ]
パッケージ: python3-pairtools (1.1.2-1 など)
python3-pairtools に関するリンク
Debian の資源:
pairtools ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [github.com]
類似のパッケージ:
Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment
Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.
Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:
- Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end sequences of Hi-C DNA molecules - Sort .pairs files for downstream analyses - Detect, tag and remove PCR/optical duplicates - Generate extensive statistics of Hi-C datasets - Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria - Restore .sam alignments from Hi-C pairs
その他の python3-pairtools 関連パッケージ
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- dep: cython3 [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]
- C-Extensions for Python 3
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- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.16) [x32]
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
- dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]
- dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]
- dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, sparc64]
- dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [alpha, amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, sh4]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC 共有ライブラリ
-
- dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32 以外]
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
- dep: python3 (<< 3.11) [ia64, x32]
- dep: python3 (<< 3.12) [hppa, ppc64, sparc64]
- dep: python3 (<< 3.13) [alpha]
- dep: python3 (<< 3.14) [alpha, hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32 以外]
- dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]
- dep: python3 (>= 3.12~) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32 以外]
-
- dep: python3-bioframe [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32 以外]
- library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes
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- dep: python3-click
- Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x
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- dep: python3-nose [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]
- test discovery and running for Python3 unittest
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- dep: python3-numpy (>= 1:1.20.0) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]
- Fast array facility to the Python language (Python 3)
- dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32 以外]
-
- dep: python3-numpy-abi9
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: python3-numpy
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- dep: python3-pandas [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32 以外]
- data structures for "relational" or "labeled" data
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- dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32 以外]
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
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- dep: python3-scipy [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32 以外]
- scientific tools for Python 3
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- dep: python3-standard-pipes [alpha, hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32 以外]
- pipes Standard Python Lib (Python 3)
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- dep: python3-yaml [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32 以外]
- YAML parser and emitter for Python3
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- sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)
- Process sequencing data from a Hi-C experiment (examples)
python3-pairtools のダウンロード
アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
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alpha (非公式の移植版) | 1.0.3-1+b1 | 178.1 kB | 895.0 kB | [ファイル一覧] |
amd64 | 1.1.2-1 | 255.8 kB | 1,272.0 kB | [ファイル一覧] |
arm64 | 1.1.2-1 | 227.4 kB | 1,456.0 kB | [ファイル一覧] |
armel | 1.1.2-1 | 233.3 kB | 1,312.0 kB | [ファイル一覧] |
armhf | 1.1.2-1 | 233.1 kB | 1,056.0 kB | [ファイル一覧] |
hppa (非公式の移植版) | 0.3.0-3.2+b2 | 144.6 kB | 640.0 kB | [ファイル一覧] |
i386 | 1.1.2-1 | 247.0 kB | 1,262.0 kB | [ファイル一覧] |
ia64 (非公式の移植版) | 0.3.0-3.2+b1 | 137.3 kB | 612.0 kB | [ファイル一覧] |
m68k (非公式の移植版) | 1.1.2-1 | 216.9 kB | 1,096.0 kB | [ファイル一覧] |
mips64el | 1.1.2-1 | 219.9 kB | 1,482.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64 (非公式の移植版) | 0.3.0-3.2+b2 | 146.6 kB | 752.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64el | 1.1.2-1 | 239.6 kB | 1,584.0 kB | [ファイル一覧] |
riscv64 | 1.1.2-1 | 249.8 kB | 1,056.0 kB | [ファイル一覧] |
sh4 (非公式の移植版) | 1.1.2-1 | 279.6 kB | 1,312.0 kB | [ファイル一覧] |
sparc64 (非公式の移植版) | 0.3.0-3.2+b2 | 125.9 kB | 2,292.0 kB | [ファイル一覧] |
x32 (非公式の移植版) | 0.3.0-3.2+b1 | 121.6 kB | 405.0 kB | [ファイル一覧] |