Paquet : python3-pairtools (1.0.3-1 et autres)

[ Paquet source : pairtools  ]

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.

Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:

  - Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
    sequences of Hi-C DNA molecules
  - Sort .pairs files for downstream analyses
  - Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
  - Generate extensive statistics of Hi-C datasets
  - Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
  - Restore .sam alignments from Hi-C pairs

Autres paquets associés à python3-pairtools

• dep: cython3 [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  extensions en C pour Python 3

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [alpha, amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, sh4]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [non hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (<< 3.11) [ia64, x32]

  dep: python3 (<< 3.12) [hppa, ppc64, sparc64]

  dep: python3 (<< 3.13) [non hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  dep: python3 (>= 3.11~) [m68k, sh4]

  dep: python3 (>= 3.12~) [non hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32]

• dep: python3-bioframe [non hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes

• dep: python3-click

  kit de création d’interface en ligne de commande – Python 3.x

• dep: python3-nose [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  test discovery and running for Python3 unittest

• dep: python3-numpy (>= 1:1.20.0) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

  dep: python3-numpy (>= 1:1.22.0) [m68k]

  dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0) [non hppa, ia64, m68k, ppc64, sparc64, x32]

• dep: python3-numpy-abi9

  paquet virtuel fourni par python3-numpy

• dep: python3-pandas [non hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »

• dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~) [non hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-scipy [non hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  outils scientifiques pour Python 3

• dep: python3-yaml [non hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  analyseur et générateur de code YAML pour Python3

• sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)

  Process sequencing data from a Hi-C experiment (examples)

Télécharger python3-pairtools

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.0.3-1+b1	178,1 ko	895,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.0.3-1+b2	195,4 ko	796,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.0.3-1+b1	171,4 ko	892,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.0.3-1+b2	170,1 ko	716,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.0.3-1+b2	174,4 ko	624,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	0.3.0-3.2+b2	144,6 ko	640,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.0.3-1+b2	193,8 ko	797,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	0.3.0-3.2+b1	137,3 ko	612,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.0.3-1	202,5 ko	923,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.0.3-1+b2	174,0 ko	905,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.3.0-3.2+b2	146,6 ko	752,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.0.3-1+b2	189,6 ko	956,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.0.3-1+b1	182,6 ko	680,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.0.3-1+b1	309,0 ko	1 152,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.3.0-3.2+b2	125,9 ko	2 292,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.3.0-3.2+b1	121,6 ko	405,0 ko	[liste des fichiers]