Package: megadepth (1.2.0-4 and others) [debports]

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calcola la copertura da file di sequenziamento BigWig e BAM

Una delle principali preoccupazioni nell'interpretazione di sequenziamenti di DNA e RNA (!) è il numero di letture che coprono una particolare area. Questo pacchetto ha statistiche interessanti per la distinzione tra parti codificanti e non codificanti del genoma e sa come interpretare trascritti che si estendono su più esoni.

Questo pacchetto è un successore del programma "bamcount".

Other Packages Related to megadepth

• dep: libbigwig0t64 (>= 0.4.6)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6.1 (>= 2.37)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: libunwind8

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
ia64 (unofficial port)	1.2.0-4+b1	99.7 kB	467.0 kB	[list of files]