Paket: megadepth (1.2.0-4 und andere) [debports]

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computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.

This package is a successor of the program 'bamcount'.

Andere Pakete mit Bezug zu megadepth

• dep: libbigwig0t64 (>= 0.4.6)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6.1 (>= 2.37)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: libunwind8

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.2.0-4+b1	99,7 kB	467,0 kB	[Liste der Dateien]