パッケージ: megadepth (1.2.0-4 など) [debports]
computes coverage from BigWig and BAM sequencing files
A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.
This package is a successor of the program 'bamcount'.
その他の megadepth 関連パッケージ
|
|
|
|
-
- dep: libbigwig0t64 (>= 0.4.6)
- C library for handling bigWig files
-
- dep: libc6.1 (>= 2.37)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2)
- GCC 共有ライブラリ
-
- dep: libhts3t64 (>= 1.17)
- C library for high-throughput sequencing data formats
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
-
- dep: libunwind8
- プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
-
- sug: r-bioc-megadepth
- BioCOnductor BigWig and BAM related utilities