Пакет: concavity (0.1+dfsg.1-6 и други)

[ Източник: concavity  ]

predictor of protein ligand binding sites from structure and conservation

ConCavity predicts protein ligand binding sites by combining evolutionary sequence conservation and 3D structure.

ConCavity takes as input a PDB format protein structure and optionally files that characterize the evolutionary sequence conservation of the chains in the structure file.

The following result files are produced by default:

 * Residue ligand binding predictions for each chain (*.scores).
 * Residue ligand binding predictions in a PDB format file (residue
   scores placed in the temp. factor field, *_residue.pdb).
 * Pocket prediction locations in a DX format file (*.dx).
 * PyMOL script to visualize the predictions (*.pml).

Други пакети, свързани с concavity

• dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, ia64, sh4]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC support library

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC support library

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU Standard C++ Library v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• sug: conservation-code

  protein sequence conservation scoring tool

• sug: pymol

  Molecular Graphics System

Изтегляне на concavity

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	0.1+dfsg.1-6	228,7 кБ	1 064,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	0.1+dfsg.1-6	238,3 кБ	967,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	0.1+dfsg.1-6	229,2 кБ	1 000,0 кБ	[списък на файловете]
armel	0.1+dfsg.1-6	223,8 кБ	939,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	0.1+dfsg.1-6	216,8 кБ	815,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	0.1+dfsg.1-6	233,7 кБ	963,0 кБ	[списък на файловете]
i386	0.1+dfsg.1-6	249,8 кБ	1 006,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	0.1+dfsg.1-5	266,8 кБ	1 406,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	0.1+dfsg.1-6	232,2 кБ	966,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	0.1+dfsg.1-6	254,4 кБ	1 179,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	0.1+dfsg.1-6	250,6 кБ	1 192,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	0.1+dfsg.1-6	251,4 кБ	1 128,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	0.1+dfsg.1-6	243,8 кБ	883,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	0.1+dfsg.1-6	240,8 кБ	979,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	0.1+dfsg.1-6	274,1 кБ	999,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	0.1+dfsg.1-6	215,8 кБ	1 577,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	0.1+dfsg.1-6	239,1 кБ	946,0 кБ	[списък на файловете]