Pakiet: concavity (0.1+dfsg.1-6 i inne)

[ Pakiet źródłowy: concavity  ]

predictor of protein ligand binding sites from structure and conservation

ConCavity predicts protein ligand binding sites by combining evolutionary sequence conservation and 3D structure.

ConCavity takes as input a PDB format protein structure and optionally files that characterize the evolutionary sequence conservation of the chains in the structure file.

The following result files are produced by default:

 * Residue ligand binding predictions for each chain (*.scores).
 * Residue ligand binding predictions in a PDB format file (residue
   scores placed in the temp. factor field, *_residue.pdb).
 * Pocket prediction locations in a DX format file (*.dx).
 * PyMOL script to visualize the predictions (*.pml).

Inne pakiety związane z concavity

• dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• sug: conservation-code

  protein sequence conservation scoring tool

• sug: pymol

  Molekularny system graficzny

Pobieranie concavity

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	0.1+dfsg.1-6	228,7 KiB	1 064,0 KiB	[lista plików]
amd64	0.1+dfsg.1-6	238,3 KiB	967,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.1+dfsg.1-6	229,2 KiB	1 000,0 KiB	[lista plików]
armel	0.1+dfsg.1-6	223,8 KiB	939,0 KiB	[lista plików]
armhf	0.1+dfsg.1-6	216,8 KiB	815,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	0.1+dfsg.1-6	233,7 KiB	963,0 KiB	[lista plików]
i386	0.1+dfsg.1-6	249,8 KiB	1 006,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	0.1+dfsg.1-5	266,8 KiB	1 406,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	0.1+dfsg.1-6	232,2 KiB	966,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.1+dfsg.1-6	254,4 KiB	1 179,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	0.1+dfsg.1-6	250,6 KiB	1 192,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.1+dfsg.1-6	251,4 KiB	1 128,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0.1+dfsg.1-6	243,8 KiB	883,0 KiB	[lista plików]
s390x	0.1+dfsg.1-6	240,8 KiB	979,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	0.1+dfsg.1-6	274,1 KiB	999,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	0.1+dfsg.1-6	215,8 KiB	1 577,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	0.1+dfsg.1-6	239,1 KiB	946,0 KiB	[lista plików]