Balík: concavity (0.1+dfsg.1-6 a iné)

[ Zdroj: concavity  ]

predictor of protein ligand binding sites from structure and conservation

ConCavity predicts protein ligand binding sites by combining evolutionary sequence conservation and 3D structure.

ConCavity takes as input a PDB format protein structure and optionally files that characterize the evolutionary sequence conservation of the chains in the structure file.

The following result files are produced by default:

 * Residue ligand binding predictions for each chain (*.scores).
 * Residue ligand binding predictions in a PDB format file (residue
   scores placed in the temp. factor field, *_residue.pdb).
 * Pocket prediction locations in a DX format file (*.dx).
 * PyMOL script to visualize the predictions (*.pml).

Ostatné balíky súvisiace s balíkom concavity

• dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• sug: conservation-code

  protein sequence conservation scoring tool

• sug: pymol

  systém na vykresľovanie molekúl

Stiahnuť concavity

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	0.1+dfsg.1-6	228.7 kB	1,064.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	0.1+dfsg.1-6	238.3 kB	967.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	0.1+dfsg.1-6	229.2 kB	1,000.0 kB	[zoznam súborov]
armel	0.1+dfsg.1-6	223.8 kB	939.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	0.1+dfsg.1-6	216.8 kB	815.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	0.1+dfsg.1-6	233.7 kB	963.0 kB	[zoznam súborov]
i386	0.1+dfsg.1-6	249.8 kB	1,006.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	0.1+dfsg.1-5	266.8 kB	1,406.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	0.1+dfsg.1-6	232.2 kB	966.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	0.1+dfsg.1-6	254.4 kB	1,179.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	0.1+dfsg.1-6	250.6 kB	1,192.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	0.1+dfsg.1-6	251.4 kB	1,128.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	0.1+dfsg.1-6	243.8 kB	883.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	0.1+dfsg.1-6	240.8 kB	979.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	0.1+dfsg.1-6	274.1 kB	999.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	0.1+dfsg.1-6	215.8 kB	1,577.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	0.1+dfsg.1-6	239.1 kB	946.0 kB	[zoznam súborov]