パッケージ: ragout (2.3-2 など)

[ ソース: ragout  ]

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) is a tool for chromosome-level scaffolding using multiple references. Given initial assembly fragments (contigs/scaffolds) and one or multiple related references (complete or draft), it produces a chromosome-scale assembly (as a set of scaffolds).

The approach is based on the analysis of genome rearrangements (like inversions or chromosomal translocations) between the input genomes and reconstructing the most parsimonious structure of the target genome.

Ragout now supports both small and large genomes (of mammalian scale and complexity). The assembly of highly polymorphic genomes is currently limited.

その他の ragout 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, arm64, ppc64el 以外]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, i386, mipsel 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [armel, armhf 以外]

• dep: python3

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)

• dep: python3-networkx (>= 2.2)

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• rec: sibelia

  comparative genomics tool

ragout のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	2.3-2+b1	2,074.3 kB	9,683.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.3-2+b1	2,068.8 kB	9,655.0 kB	[ファイル一覧]
armel	2.3-2+b1	2,069.2 kB	9,649.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	2.3-2+b1	2,068.4 kB	9,613.0 kB	[ファイル一覧]
i386	2.3-2+b1	2,085.8 kB	9,689.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.3-2+b1	2,079.0 kB	9,721.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	2.3-2+b1	2,079.0 kB	9,718.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.3-2+b1	2,084.3 kB	9,823.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	2.3-2+b1	2,071.4 kB	9,687.0 kB	[ファイル一覧]