Package: sumatra (1.0.36+ds-2)
Links for sumatra
Debian Resources:
Download Source Package sumatra:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Tim Booth (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Pierre Gruet (QA Page)
External Resources:
- Homepage [metabarcoding.org]
Similar packages:
confronto e raggruppamento in cluster di sequenze veloci ed esatti
Con lo sviluppo del sequenziamento di prossima generazione, sono necessari strumenti efficienti per gestire milioni di sequenze in quantità di tempo ragionevoli. Sumatra è un programma sviluppato dal LECA. Sumatra mira a confrontare sequenze in un modo che sia veloce e al contempo esatto. Questo strumento è stato sviluppato per essere adattato al tipo di dati generati da metabarcoding di DNA, cioè marcatori corti interamente sequenziati. Sumatra calcola i punteggi di allineamenti a coppie per un insieme di dati o tra due insiemi di dati, con la possibilità di specificare una soglia di similarità, per cui sequenze che hanno una similarità al di sotto di essa non vengono riportate. L'output può quindi passare attraverso un processo di classificazione con programmi quali MCL e MOTHUR.
Other Packages Related to sumatra
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- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.7) [not arm64, ppc64el]
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- dep: libsuma1 (>= 1.0.35)
- shared library for sumatra and sumaclust
Download sumatra
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 78.5 kB | 136.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 77.8 kB | 175.0 kB | [list of files] |
| armel | 78.9 kB | 175.0 kB | [list of files] |
| armhf | 78.0 kB | 175.0 kB | [list of files] |
| i386 | 78.6 kB | 135.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 78.1 kB | 176.0 kB | [list of files] |
| mipsel | 78.3 kB | 176.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 79.0 kB | 176.0 kB | [list of files] |
| s390x | 78.1 kB | 131.0 kB | [list of files] |