Пакет: sumatra (1.0.36+ds-2)

[ Източник: sumatra  ]

fast and exact comparison and clustering of sequences

With the development of next-generation sequencing, efficient tools are needed to handle millions of sequences in reasonable amounts of time. Sumatra is a program developed by the LECA. Sumatra aims to compare sequences in a way that is fast and exact at the same time. This tool has been developed to be adapted to the type of data generated by DNA metabarcoding, i.e. entirely sequenced, short markers. Sumatra computes the pairwise alignment scores from one dataset or between two datasets, with the possibility to specify a similarity threshold under which pairs of sequences that have a lower similarity are not reported. The output can then go through a classification process with programs such as MCL or MOTHUR.

Други пакети, свързани с sumatra

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.7) [не arm64, ppc64el]

• dep: libsuma1 (>= 1.0.35)

  shared library for sumatra and sumaclust

Изтегляне на sumatra

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	78,5 кБ	136,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	77,8 кБ	175,0 кБ	[списък на файловете]
armel	78,9 кБ	175,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	78,0 кБ	175,0 кБ	[списък на файловете]
i386	78,6 кБ	135,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	78,1 кБ	176,0 кБ	[списък на файловете]
mipsel	78,3 кБ	176,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	79,0 кБ	176,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	78,1 кБ	131,0 кБ	[списък на файловете]