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Paquet source : snippy (4.6.0+dfsg-5)

Liens pour snippy

Les paquets binaires suivants sont compilés à partir de ce paquet source :

snippy: rapid haploid variant calling and core genome alignment
snippy-examples: rapid haploid variant calling and core genome alignment (examples)

adep: debhelper-compat (= 13)

Paquet indisponible
adep: any2fasta

conversion de divers formats de séquences en FASTA
adep: bcftools

appel de variantes génomiques et manipulation de fichiers VCF et BCF
adep: bedtools

suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes
adep: bwa

dispositif d'alignement Burrows-Wheeler
adep: freebayes

détection bayésienne de polymorphismes basée sur les haplotypes et génotypage
adep: libbio-perl-perl

modules Perl principaux de BioPerl
adep: libvcflib-tools

C++ library for parsing and manipulating VCF files (tools)
adep: minimap2

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences
adep: parallel

build and execute command lines from standard input in parallel
adep: samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
adep: samclip

filter SAM file for soft and hard clipped alignments
adep: seqtk

Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format
adep: snp-sites

code binaire pour le paquet snp-sites
adep: snpeff

genetic variant annotation and effect prediction toolbox - tool
adep: vt

ensemble d’outils pour la recherche de variants courts dans des données de séquence génétique

Dépôt Debian des paquets source (VCS: Git): https://salsa.debian.org/med-team/snippy.git
Dépôt Debian des paquets source (interface web): https://salsa.debian.org/med-team/snippy