Paquet : snippy (4.6.0+dfsg-4)

[ Paquet source : snippy  ]

rapid haploid variant calling and core genome alignment

Snippy finds SNPs between a haploid reference genome and your NGS sequence reads. It will find both substitutions (snps) and insertions/deletions (indels). It will use as many CPUs as you can give it on a single computer (tested to 64 cores). It is designed with speed in mind, and produces a consistent set of output files in a single folder. It can then take a set of Snippy results using the same reference and generate a core SNP alignment (and ultimately a phylogenomic tree).

Autres paquets associés à snippy

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  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: samclip

  filter SAM file for soft and hard clipped alignments

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  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• dep: seqtk

  Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format

• dep: snp-sites

  code binaire pour le paquet snp-sites

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	26,2 ko	100,0 ko	[liste des fichiers]