Paquet : r-cran-spp (1.16.0-2 et autres)

[ Paquet source : r-cran-spp  ]

GNU R ChIP-seq processing pipeline

R package for anlaysis of ChIP-seq and other functional sequencing data

 * Assess overall DNA-binding signals in the data and select appropriate
   quality of tag alignment.
 * Discard or restrict positions with abnormally high number of tags.
 * Calculate genome-wide profiles of smoothed tag density and save them
   in WIG files for viewing in other browsers.
 * Calculate genome-wide profiles providing conservative statistical
   estimates of fold enrichment ratios along the genome. These can be
   exported for browser viewing, or thresholded to determine regions of
   significant enrichment/depletion.
 * Determine statistically significant point binding positions
 * Assess whether the set of point binding positions detected at a
   current sequencing depth meets saturation criteria, and if does not,
   estimate what sequencing depth would be required to do so.

Autres paquets associés à r-cran-spp

• dep: libbz2-1.0

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [non alpha, arm64, ia64, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non alpha, hppa, ia64, riscv64, sh4, sparc64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Paquet indisponible

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [non arm64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: r-api-3.5 [sparc64]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-4.0 [non sparc64]

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-base-core (>= 3.5.1-1) [sparc64]

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

  dep: r-base-core (>= 4.0.2-1) [non arm64, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: r-base-core (>= 4.1.1-2) [sh4]

• dep: r-bioc-rsamtools

  importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

• dep: r-cran-bh (>= 1.66) [non sparc64]

  paquet (virtuel) de GNU R pour fournir BH

• dep: r-cran-catools

  GNU R package providing various utility functions

• dep: r-cran-rcpp

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger r-cran-spp

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.16.0-2	316,0 ko	473,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.16.0-2	315,3 ko	453,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.16.0-2+b1	315,1 ko	436,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.16.0-2	320,3 ko	461,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.16.0-2	332,4 ko	597,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.16.0-2	308,7 ko	452,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.16.0-2	316,9 ko	499,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.16.0-2	317,2 ko	497,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.16.0-2+b1	312,3 ko	401,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.16.0-2	311,0 ko	444,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.16.0-2	332,8 ko	439,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.15.5-1	307,6 ko	431,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.16.0-2	316,0 ko	441,0 ko	[liste des fichiers]