Paket: r-cran-spp (1.16.0-2 und andere)

[ Quellcode: r-cran-spp  ]

GNU R ChIP-seq processing pipeline

R package for anlaysis of ChIP-seq and other functional sequencing data

 * Assess overall DNA-binding signals in the data and select appropriate
   quality of tag alignment.
 * Discard or restrict positions with abnormally high number of tags.
 * Calculate genome-wide profiles of smoothed tag density and save them
   in WIG files for viewing in other browsers.
 * Calculate genome-wide profiles providing conservative statistical
   estimates of fold enrichment ratios along the genome. These can be
   exported for browser viewing, or thresholded to determine regions of
   significant enrichment/depletion.
 * Determine statistically significant point binding positions
 * Assess whether the set of point binding positions detected at a
   current sequencing depth meets saturation criteria, and if does not,
   estimate what sequencing depth would be required to do so.

Andere Pakete mit Bezug zu r-cran-spp

• dep: libbz2-1.0

  Hochwertiger, Blöcke sortierender Dateikomprimierer - Laufzeitbibliothek

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [nicht alpha, arm64, ia64, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht alpha, hppa, ia64, riscv64, sh4, sparc64]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [nicht arm64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: r-api-3.5 [sparc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: r-api-4.0 [nicht sparc64]

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-base-core

• dep: r-base-core (>= 3.5.1-1) [sparc64]

  GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern

  dep: r-base-core (>= 4.0.2-1) [nicht arm64, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: r-base-core (>= 4.1.1-2) [sh4]

• dep: r-bioc-rsamtools

  GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import

• dep: r-cran-bh (>= 1.66) [nicht sparc64]

  (Virtual) GNU R package to provide BH

• dep: r-cran-catools

  GNU R package providing various utility functions

• dep: r-cran-rcpp

  GNU-R-Paket für die nahtlose Verflechtung von R und C++

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

r-cran-spp herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.16.0-2	316,0 kB	473,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.16.0-2	315,3 kB	453,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.16.0-2+b1	315,1 kB	436,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.16.0-2	320,3 kB	461,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.16.0-2	332,4 kB	597,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.16.0-2	308,7 kB	452,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.16.0-2	316,9 kB	499,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.16.0-2	317,2 kB	497,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.16.0-2+b1	312,3 kB	401,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.16.0-2	311,0 kB	444,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.16.0-2	332,8 kB	439,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.15.5-1	307,6 kB	431,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.16.0-2	316,0 kB	441,0 kB	[Liste der Dateien]