Paquet : murasaki-mpi (1.68.6-14 et autres)

[ Paquet source : murasaki  ]

homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

This package provides the MPI-enabled binary for murasaki. While this will speed up operation on multi-processor machines it will slow down on a single processor.

Autres paquets associés à murasaki-mpi

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  opérations sur le système de fichiers (chemins portables, itération sur des répertoires,⋅etc.) en C++

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliothèque Boost.Iostreams

• dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Shared libraries for MPICH

  dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [non armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [non ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: murasaki-common

  homology detection tool across multiple large genomes (common files)

Télécharger murasaki-mpi

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.68.6-14+b1	638,1 ko	5 113,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.68.6-14+b1	676,9 ko	4 527,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.68.6-14+b1	581,3 ko	4 455,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.68.6-14	492,4 ko	3 433,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.68.6-14	502,7 ko	2 429,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.68.6-14	627,1 ko	4 102,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.68.6-14	685,4 ko	4 298,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.68.6-13+b5	766,7 ko	9 658,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.68.6-14	634,2 ko	4 589,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.68.6-14+b1	635,8 ko	6 005,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.68.6-14+b1	647,8 ko	5 927,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.68.6-14+b1	652,6 ko	5 735,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.68.6-14+b1	629,6 ko	3 299,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.68.6-14+b1	657,4 ko	4 974,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.68.6-14	644,5 ko	4 173,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.68.6-14+b1	546,3 ko	13 466,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.68.6-14	647,4 ko	4 093,0 ko	[liste des fichiers]