Paquet : mmseqs2 (15-6f452+ds-2 et autres)

[ Paquet source : mmseqs2  ]

recherche et partitionnement de protéines ultra rapide et sensible

MMseqs2 (Many-against-Many sequence searching) est une suite logicielle pour rechercher et partitionner des grands ensembles de séquences de protéines ou de nucléotides. MMseqs2 est un logiciel au code source ouvert (licence GPL) implémenté en C++ pour Linux, macOS et (en version bêta à travers cygwin) Windows. Le logiciel est conçu pour fonctionner sur plusieurs cœurs et plusieurs serveurs et se révèle très extensible. MMseqs2 fonctionne 10 000 fois plus rapidement que BLAST. À 100 fois sa vitesse il atteint presque la même sensibilité. Il peut réaliser des recherches de profil avec la même sensibilité que PSI-BLAST à plus de 400 fois sa vitesse.

Autres paquets associés à mmseqs2

• dep: libatomic1 (>= 4.8) [non ppc64, ppc64el, sparc64, x32]

  bibliothèque de prise en charge fournissant des fonctions internes __atomic

• dep: libbz2-1.0

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, m68k, ppc64, sparc64, x32]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, mips64el, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [riscv64, sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, riscv64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [non amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: libzstd1 (>= 1.3.8) [alpha, hppa, m68k, ppc64, sparc64]

  algorithme de compression rapide sans perte

  dep: libzstd1 (>= 1.4.0) [sh4, x32]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [non amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, riscv64]

  Bibliothèque de compression - binaires

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.6) [amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, riscv64]

Télécharger mmseqs2

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	12-113e3+ds-3+b1	4 605,9 ko	9 018,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	15-6f452+ds-2+b1	23 684,5 ko	71 122,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	15-6f452+ds-2+b1	6 968,4 ko	15 864,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	12-113e3+ds-2+b1	4 494,2 ko	7 857,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	15-6f452+ds-2	7 602,6 ko	23 212,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	12-113e3+ds-2+b1	4 368,5 ko	7 775,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	15-6f452+ds-2+b1	6 933,1 ko	16 790,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	12-113e3+ds-2+b1	4 402,7 ko	8 061,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	15-6f452+ds-2+b1	7 193,5 ko	17 208,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	15-6f452+ds-2+b2	7 321,3 ko	15 548,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	12-113e3+ds-3+b1	4 800,2 ko	7 324,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	11-e1a1c+ds-4	4 158,7 ko	7 066,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	12-113e3+ds-3+b1	4 529,1 ko	7 777,0 ko	[liste des fichiers]