Paquet : libbwa-dev (0.7.18-1 et autres)

[ Paquet source : bwa  ]

fichiers source du dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

BWA est un paquet logiciel pour mettre en correspondance des séquences à faible divergence avec un grand génome de référence tel que le génome humain. Il est constitué de trois algorithmes : BWA-backtrack, BWA-SW et BWA-MEM. Le premier algorithme est conçu pour les lectures de séquences Illumina jusqu'à 100 paires de bases, alors que les deux autres sont conçus pour des lectures de séquences allant de 70 à 1 000 paires de bases. BWA-MEM et BWA-SW partagent des fonctionnalités communes telles que la prise en charge des lectures longues et des alignements de découpages (« split alignment »), mais BWA-MEM, plus récent, est généralement recommandé pour les requêtes de haute qualité, car il est plus rapide et plus précis. BWA-MEM a également de meilleures performances que BWA-backtrack pour les lectures Illumina de 70 à 100 paires de bases.

Ce paquet fournit les fichiers source à utiliser dans d'autres programmes.

Étiquettes: Développement de logiciel: Bibliothèques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::devel-lib, role::program, Code source, But: use::comparing, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à libbwa-dev

• sug: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.7.18-1	167,9 ko	626,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	0.7.18-1	152,0 ko	479,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.7.18-1	147,0 ko	472,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.7.18-1	147,3 ko	435,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.7.18-1	147,3 ko	365,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	0.7.18-1	169,7 ko	484,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.7.18-1	168,4 ko	482,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	0.7.17-7+b4	204,9 ko	764,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.7.18-1	149,0 ko	446,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.7.18-1	160,8 ko	568,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.7.18-1	165,0 ko	554,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.7.18-1	173,8 ko	567,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.7.18-1	300,8 ko	2 340,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	0.7.18-1	165,3 ko	519,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	0.7.18-1	200,6 ko	439,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.7.18-1	140,9 ko	482,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.7.18-1	155,4 ko	447,0 ko	[liste des fichiers]