Paquet : libbwa-dev (0.7.17-7 et autres)

[ Paquet source : bwa  ]

fichiers source du dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

BWA est un paquet logiciel pour mettre en correspondance des séquences à faible divergence avec un grand génome de référence tel que le génome humain. Il est constitué de trois algorithmes : BWA-backtrack, BWA-SW et BWA-MEM. Le premier algorithme est conçu pour les lectures de séquences Illumina jusqu'à 100 paires de bases, alors que les deux autres sont conçus pour des lectures de séquences allant de 70 à 1 000 paires de bases. BWA-MEM et BWA-SW partagent des fonctionnalités communes telles que la prise en charge des lectures longues et des alignements de découpages (« split alignment »), mais BWA-MEM, plus récent, est généralement recommandé pour les requêtes de haute qualité, car il est plus rapide et plus précis. BWA-MEM a également de meilleures performances que BWA-backtrack pour les lectures Illumina de 70 à 100 paires de bases.

Ce paquet fournit les fichiers source à utiliser dans d'autres programmes.

Étiquettes: Développement de logiciel: Bibliothèques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::devel-lib, role::program, Code source, But: use::comparing, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à libbwa-dev

• sug: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	0.7.17-7+b2	152,7 ko	471,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.7.17-7+b2	143,1 ko	457,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.7.17-7+b2	143,6 ko	420,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.7.17-7+b2	144,0 ko	353,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.7.17-7+b2	168,4 ko	479,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.7.17-7+b2	157,2 ko	552,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	0.7.17-7+b2	179,8 ko	508,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.7.17-7+b2	170,0 ko	557,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	0.7.17-7+b2	141,3 ko	472,0 ko	[liste des fichiers]