Paquet : libbio-db-hts-perl (3.01-5 et autres)

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Perl interface to the HTS library

HTSlib is an implementation of a unified C library for accessing common file formats, such as SAM (Sequence Alignment/Map), CRAM and VCF (Variant Call Format), used for high-throughput sequencing data, and is the core library used by samtools and bcftools. HTSlib only depends on zlib. It is known to be compatible with gcc, g++ and clang.

HTSlib implements a generalized BAM (binary SAM) index, with file extension 'csi' (coordinate-sorted index). The HTSlib file reader first looks for the new index and then for the old if the new index is absent.

This package provides a Perl interface to the HTS library.

Autres paquets associés à libbio-db-hts-perl

• dep: libbio-perl-perl

  modules Perl principaux de BioPerl

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.22) [ppc64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, i386, m68k, mips64el, s390x, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: perl (>= 5.38.2-3.2) [ia64]

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

  dep: perl (>= 5.40.0-6) [non hppa, ia64]

  dep: perl (>= 5.40.1-2) [hppa]

• dep: perlapi-5.38.2 [ia64]

  paquet virtuel fourni par perl-base

• dep: perlapi-5.40.0 [non hppa, ia64]

  paquet virtuel fourni par perl-base

• dep: perlapi-5.40.1 [hppa]

  paquet virtuel fourni par perl-base

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger libbio-db-hts-perl

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	3.01-5	134,8 ko	542,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	3.01-5	139,1 ko	428,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	3.01-5	133,7 ko	477,0 ko	[liste des fichiers]
armel	3.01-5	135,2 ko	415,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	3.01-5	134,5 ko	375,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	3.01-5+b1	137,5 ko	458,0 ko	[liste des fichiers]
i386	3.01-5	140,9 ko	447,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	3.01-4+b3	145,4 ko	615,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	3.01-5	137,2 ko	427,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	3.01-5	134,2 ko	427,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	3.01-5	129,6 ko	548,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	3.01-5	136,9 ko	541,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	3.01-5	136,6 ko	540,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	3.01-5	139,5 ko	403,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	3.01-5	139,3 ko	441,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	3.01-5	140,5 ko	475,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	3.01-5	131,5 ko	2 338,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	3.01-5	139,1 ko	423,0 ko	[liste des fichiers]