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[ ソース: libbio-db-hts-perl  ]

パッケージ: libbio-db-hts-perl (3.01-5 など)

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Perl interface to the HTS library

HTSlib is an implementation of a unified C library for accessing common file formats, such as SAM (Sequence Alignment/Map), CRAM and VCF (Variant Call Format), used for high-throughput sequencing data, and is the core library used by samtools and bcftools. HTSlib only depends on zlib. It is known to be compatible with gcc, g++ and clang.

HTSlib implements a generalized BAM (binary SAM) index, with file extension 'csi' (coordinate-sorted index). The HTSlib file reader first looks for the new index and then for the old if the new index is absent.

This package provides a Perl interface to the HTS library.

その他の libbio-db-hts-perl 関連パッケージ

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alpha (非公式の移植版) 3.01-5 134.8 kB542.0 kB [ファイル一覧]
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arm64 3.01-5 133.7 kB477.0 kB [ファイル一覧]
armel 3.01-5 135.2 kB415.0 kB [ファイル一覧]
armhf 3.01-5 134.5 kB375.0 kB [ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版) 3.01-5 137.3 kB457.0 kB [ファイル一覧]
i386 3.01-5 140.9 kB447.0 kB [ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版) 3.01-4+b3 145.4 kB615.0 kB [ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版) 3.01-5 134.2 kB427.0 kB [ファイル一覧]
mips64el 3.01-5 129.6 kB548.0 kB [ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版) 3.01-5 136.9 kB541.0 kB [ファイル一覧]
ppc64el 3.01-5 136.6 kB540.0 kB [ファイル一覧]
riscv64 3.01-5 139.5 kB403.0 kB [ファイル一覧]
s390x 3.01-5 139.3 kB441.0 kB [ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版) 3.01-5 140.5 kB475.0 kB [ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版) 3.01-5 131.5 kB2,338.0 kB [ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版) 3.01-5 139.1 kB423.0 kB [ファイル一覧]