Paquet : flexbar (1:3.5.0-5 et autres)

[ Paquet source : flexbar  ]

code-barres flexible et suppression de l'adaptation pour les plateformes de séquençage

Le paquet Flexbar prétraite les données de séquençage efficacement et à haut débit. Il démultiplexe les lectures de code-barres et enlève les séquences d'adaptation. De plus, les fonctionnalités de découpage et de filtrage sont fournies. Le paquet Flexbar augmente les taux de correspondance et améliore les assemblages du génome et du transcriptome. Il gère les données de séquençage de dernière génération aux formats FASTA/Q et CSFASTA/Q des plateformes de l'entreprise Illumina, 454 de l'entreprise Roche et SOLiD de l'entreprise AppliedBIosystems.

Les noms de paramètres ont changé dans le paquet Flexbar. Veuillez donc vérifier vos scripts. Ces derniers mois, les paramètres par défaut ont été optimisés, plusieurs bogues ont été réparés, et diverses améliorations ont été effectuées, par exemple une interface en ligne de commande rénovée, de nouveaux modes de découpage ainsi que des exigences plus faibles en temps et en mémoire.

Autres paquets associés à flexbar

• dep: libbz2-1.0

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, arm64, ia64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 12) [non alpha, arm64, ia64, m68k, riscv64, sh4, sparc64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-12) [ia64, m68k, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-9) [alpha, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• dep: libtbb12 (>= 2021.11.0) [riscv64]

  bibliothèque de parallélisme pour C++ – environnement d’exécution

  dep: libtbb12 (>= 2021.12.0) [arm64]

  dep: libtbb12 (>= 2021.4.0) [amd64]

  dep: libtbb12 (>= 2021.5.0) [hppa]

  dep: libtbb12 (>= 2021.7.0) [sparc64]

  dep: libtbb12 (>= 2021.8.0) [non amd64, arm64, hppa, riscv64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger flexbar

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1:3.5.0-5	323,8 ko	1 409,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1:3.5.0-5	347,6 ko	1 165,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1:3.5.0-5+b1	317,7 ko	1 214,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1:3.5.0-5	288,9 ko	1 040,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1:3.5.0-5	299,0 ko	820,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1:3.5.0-5	315,0 ko	1 102,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1:3.5.0-5	353,1 ko	1 184,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1:3.5.0-5	397,7 ko	2 092,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1:3.5.0-5	310,7 ko	1 132,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1:3.5.0-5	285,8 ko	1 321,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1:3.5.0-5	332,0 ko	1 469,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1:3.5.0-5	336,8 ko	1 341,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1:3.5.0-5+b1	342,7 ko	998,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1:3.5.0-5	302,9 ko	1 185,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1:3.5.0-5	394,8 ko	1 149,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1:3.5.0-5	272,9 ko	2 115,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1:3.5.0-5	346,8 ko	1 096,0 ko	[liste des fichiers]