Pacote: nanopolish (0.11.0-2)

[ Fonte: nanopolish  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Outros pacotes relacionados a nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.27)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.3.1)

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhdf5-103

  Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - runtime files - serial version

• dep: libhts2 (>= 1.4.1)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: python

  linguagem interativa de alto nível orientada a objetos (versão Python2)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• rec: python-biopython

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• rec: python-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 2)

• sug: make

  utilitário para compilação direta

• sug: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

Download de nanopolish

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Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	2,162.9 kB	9,781.0 kB	[lista de arquivos]