Paketti: fastqtl (2.184+v7+dfsg-4 ja muut)

[ Source: fastqtl  ]

Quantitative Trait Loci (QTL) mapper in cis for molecular phenotypes

The goal of FastQTL is to identify single-nucleotide polymorphisms (SNPs) which are significantly associated with various molecular phenotypes (i.e. expression of known genes, cytosine methylation levels, etc). It performs scans for all possible phenotype-variant pairs in cis (i.e. variants located within a specific window around a phenotype). FastQTL implements a new permutation scheme (Beta approximation) to accurately and rapidly correct for multiple-testing at both the genotype and phenotype levels.

Tagit: Field: Biology, Bioinformatics, User Interface: interface::commandline, role::program, Purpose: Analysing

Muut pakettiin fastqtl liittyvät paketit

• dep: libblas3

  Basic Linear Algebra Reference implementations, shared library

  tai libblas.so.3

  näennäispaketti, jonka toteuttaa libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  Boost.Iostreams -kirjasto

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  program options library for C++

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  high-quality block-sorting file compressor library - runtime

• dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [ei alpha, ia64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [ei ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgslcblas0 (>= 2.8) [sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, ia64, m68k, sh4]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [ei alpha, ia64, m68k, sh4]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: r-mathlib (>= 4.3.3) [ia64]

  GNU R standalone mathematics library

  dep: r-mathlib (>= 4.4.1) [ei ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• rec: r-cran-argparser

  GNU R command-line argument parser

• rec: r-cran-qvalue

  Paketti ei saatavilla

• rec: r-cran-tools

  Paketti ei saatavilla

• sug: fastqtl-doc

  QTL mapper in cis for molecular phenotypes - documentation

Imuroi fastqtl

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	2.184+v7+dfsg-4+b4	194.1 kt	793.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	2.184+v7+dfsg-4+b3	237.4 kt	790.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	2.184+v7+dfsg-4+b3	202.7 kt	726.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	2.184+v7+dfsg-4+b3	187.2 kt	661.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	2.184+v7+dfsg-4+b3	189.4 kt	497.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	2.184+v7+dfsg-4+b3	199.8 kt	644.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	2.184+v7+dfsg-4+b3	234.8 kt	769.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	2.184+v7+dfsg-4+b2	252.5 kt	1,260.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	2.184+v7+dfsg-4+b3	206.0 kt	717.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	2.184+v7+dfsg-4+b3	195.1 kt	821.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	2.184+v7+dfsg-4+b3	213.5 kt	854.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	2.184+v7+dfsg-4+b3	243.8 kt	918.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	2.184+v7+dfsg-4+b3	208.9 kt	566.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	2.184+v7+dfsg-4+b3	219.1 kt	758.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	2.184+v7+dfsg-4+b3	257.6 kt	726.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	2.184+v7+dfsg-4+b3	177.3 kt	1,116.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	2.184+v7+dfsg-4+b4	238.8 kt	741.0 kt	[tiedostoluettelo]