Paket: r-bioc-dropletutils (1.10.3+ds-2)

[ Quellcode: r-bioc-dropletutils  ]

BioConductor utilities for handling single-cell droplet data

Provides a number of utility functions for handling single-cell (RNA-seq) data from droplet technologies such as 10X Genomics. This includes data loading from count matrices or molecule information files, identification of cells from empty droplets, removal of barcode-swapped pseudo-cells, and downsampling of the count matrix.

Andere Pakete mit Bezug zu r-bioc-dropletutils

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf, mipsel]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

• dep: libhdf5-103-1

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libhdf5-cpp-103-1 (>= 1.10.5)

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C++-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: r-api-4.0

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.12

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.0.4-1)

  GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern

• dep: r-bioc-beachmat

  I/O for several formats storing matrix data

• dep: r-bioc-biocgenerics

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-delayedarray

  BioConductor delayed operations on array-like objects

• dep: r-bioc-edger

  Empirische Analyse von digitalen Genexpressionsdaten mit R

• dep: r-bioc-hdf5array

  HDF5 backend for DelayedArray objects

• dep: r-bioc-rhdf5

  BioConductor HDF5 interface to R

• dep: r-bioc-rhdf5lib

  GNU R hdf5 library

• dep: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-scuttle

  BioConductor single-cell RNA-Seq analysis utilities

• dep: r-bioc-singlecellexperiment

  S4 Classes for Single Cell Data

• dep: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• dep: r-cran-bh

  (Virtual) GNU R package to provide BH

• dep: r-cran-dqrng

  GNU R fast pseudo random number generators

• dep: r-cran-matrix

  GNU R - Paket von Klassen für dicht und dünn besetzte Matrizen

• dep: r-cran-r.utils

  GNU R various programming utilities

• dep: r-cran-rcpp

  GNU-R-Paket für die nahtlose Verflechtung von R und C++

• rec: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  Konvertierung von R-Markdown-Dokumenten in verschiedene Formate

r-bioc-dropletutils herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	319,6 kB	626,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	307,1 kB	606,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	304,4 kB	580,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	305,0 kB	516,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	325,7 kB	636,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	305,7 kB	691,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	306,6 kB	665,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	322,6 kB	758,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	311,2 kB	646,0 kB	[Liste der Dateien]