Paket: blasr (5.3.5+dfsg-7 und andere)

[ Quellcode: blasr  ]

mapping single-molecule sequencing reads

Basic local alignment with successive refinement (BLASR) is a method for mapping single-molecule sequencing reads against a reference genome. Such reads are thousands of bases long, with divergence between them and the genome being dominated by insertion and deletion error.

Andere Pakete mit Bezug zu blasr

• dep: libblasr [x32]

  tools for aligning PacBio reads to target sequences

• dep: libblasr5.3.5 (>= 5.3.5+dfsg) [nicht hppa, m68k, ppc64, sh4, x32]

  tools for aligning PacBio reads to target sequences

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [hppa, ppc64]

  dep: libc6 (>= 2.28) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [x32]

  Paket nicht verfügbar

  dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sh4]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libhdf5-10 [hppa, ppc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libhdf5-100 [x32]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libhdf5-cpp-100 (>= 1.10.0) [x32]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libhdf5-cpp-103 (>= 1.10.1) [m68k, sh4]

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C++-Laufzeitdateien - serielle Version, Übergangspaket

• dep: libhdf5-cpp-103-1 (>= 1.10.5) [ia64]

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C++-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libhdf5-cpp-103-1t64 (>= 1.10.5) [alpha]

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C++-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libhdf5-cpp-11 (>= 1.8.15-patch1) [ppc64]

  Paket nicht verfügbar

  dep: libhdf5-cpp-11 (>= 1.8.16) [hppa]

• dep: libhdf5-cpp-310 (>= 1.14.4.3) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C++-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libpbbam0.23.0 (>= 0.23.0+dfsg) [m68k, sh4]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libpbbam2.4.0 (>= 2.4.0+dfsg) [nicht hppa, m68k, ppc64, sh4, x32]

  Pacific Biosciences binary alignment/map (BAM) library

• dep: libpbcopper2.3.0 (>= 2.3.0+dfsg) [nicht hppa, m68k, ppc64, sh4, x32]

  data structures, algorithms, and utilities for C++ applications

• dep: libpbdata [x32]

  tools for handling PacBio sequences

• dep: libpbihdf [x32]

  tools for handling PacBio hdf5 files

• dep: libpbseq [m68k, sh4]

  library for analyzing PacBio sequencing data

  dep: libpbseq (>= 5.3.5+dfsg-4~) [ia64]

  dep: libpbseq (>= 5.3.5+dfsg-9~) [alpha, amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nicht hppa, m68k, ppc64, sh4, x32]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, m68k, ppc64, sh4, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [hppa, ppc64, x32]

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

blasr herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	5.3.5+dfsg-7	226,2 kB	807,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	5.3.5+dfsg-7+b1	232,8 kB	700,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	5.3.5+dfsg-7+b1	201,7 kB	680,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	0~20150724+git3ca7fe8-1+b2	1.423,6 kB	6.078,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	5.3.5+dfsg-6+b4	271,0 kB	1.226,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	5.3.3+dfsg-1+b1	180,6 kB	591,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	5.3.5+dfsg-7+b1	214,9 kB	824,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	0~20150724+git3ca7fe8-1+b2	1.367,5 kB	6.824,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	5.3.5+dfsg-7+b1	226,1 kB	808,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	5.3.5+dfsg-7+b1	226,1 kB	532,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	5.3.3+dfsg-1+b1	223,0 kB	543,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	5.3-1+b1	459,5 kB	1.607,0 kB	[Liste der Dateien]