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Paket: phybin (0.3-5)

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binning/clustering newick trees by topology

PhyBin is a simple command line tool that classifies a set of Newick tree files by their topology. The purpose of it is to take a large set of tree files and browse through the most common tree topologies.

It can do simple binning of identical trees or more complex clustering based on an all-to-all Robinson-Foulds distance matrix.

phybin produces output files that characterize the size and contents of each bin or cluster (including generating GraphViz-based visual representations of the tree topologies).

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armhf 1.807,4 kB12.158,0 kB [Liste der Dateien]
i386 1.586,5 kB9.347,0 kB [Liste der Dateien]
mips64el 5.155,1 kB56.961,0 kB [Liste der Dateien]
mipsel 3.415,4 kB38.965,0 kB [Liste der Dateien]
ppc64el 3.395,8 kB37.296,0 kB [Liste der Dateien]
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