Package: vg (1.30.0+ds-1 and others)

[ Source: vg  ]

Værktøjer til arbejdet med genomvariationsgrafer

Datastrukturer for variationsgrafer, interchange-formater, sammenligning, genotyper og variantkaldemetoder.

Variationsgrafer tilbyder en kortfattet kodning af sekvenserne for mange genomer. En variationsgraf (specielt som implementeret i vg) består af:

 - knuder, der navngives efter sekvenser og id'er
 - kanter, der forbinde to knuder via en af deres respektive endelser
 - stier, beskriv genomer, sekvenssammenligninger og kommentarer (såsom
   genmodeller og transkripter) som gennemløb via knuder forbundet via
   kanter

Denne model svarer til et antal af sekvensgrafer, der er blevet brugt i samling af og flere sekvenssammenligninger. Stier tilbyder koordinatsystemer relativt til genomer kodet i grafen, hvilket gør at stabile oversættelser fremstilles selv hvis strukturen for grafen er ændret.

Other Packages Related to vg

• dep: libatomic1 (>= 4.8)

  Understøttelsesbibliotek der tilbyder __atomic indbyggede funktioner

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libc6 (>= 2.33)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

  Cairo 2D - vektorgrafikbibliotek

• dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1)

  Hurtig suffiks-tabelkonstruktion

• dep: libdw1 (>= 0.126) [amd64]

  Bibliotek som tilbyder adgang til DWARF-fejlsøgningsinformation

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f)

  Bibliotek for indeksering og sekvensudtrækning fra FASTA-filer - bibliotek

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [mips64el]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [amd64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libjansson4 (>= 2.14)

  C-bibliotek for kodning, dekodning og manipulering af JSON-data

• dep: libjemalloc2 (>= 5.0.0)

  skalerbar og samtidig malloc(3)-implementering for mange formål

• dep: libraptor2-0 (>= 2.0.14)

  Raptor 2 RDF-syntaksbibliotek

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 12)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libtabixpp0 (>= 1.0.0)

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: libvcflib1 (>= 1.0.3+dfsg)

  C++-bibliotek til at fortolke og manipulere VCF-filer

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download vg

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.30.0+ds-1+b2	48,532.8 kB	176,762.0 kB	[list of files]
mips64el	1.30.0+ds-1+b2	6,335.7 kB	33,273.0 kB	[list of files]