Пакунок: vg (1.59.0+ds-0.1)

[ Source: vg  ]

tools for working with genome variation graphs

variation graph data structures, interchange formats, alignment, genotyping, and variant calling methods

Variation graphs provide a succinct encoding of the sequences of many genomes. A variation graph (in particular as implemented in vg) is composed of:

 - nodes, which are labeled by sequences and ids
 - edges, which connect two nodes via either of their respective ends
 - paths, describe genomes, sequence alignments, and annotations (such as gene
  models and transcripts) as walks through nodes connected by edges

This model is similar to a number of sequence graphs that have been used in assembly and multiple sequence alignment. Paths provide coordinate systems relative to genomes encoded in the graph, allowing stable mappings to be produced even if the structure of the graph is changed.

Інші пакунки пов'язані з vg

• dep: libatomic1 (>= 4.8)

  Підтримка бібліотеки, яка забезпечує вбудовані функції __atomic

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

  Cairo 2D — бібліотека векторної графіки

• dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1)

  fast suffix array construction

• dep: libdw1t64 (>= 0.126) [amd64]

  library that provides access to the DWARF debug information

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f)

  library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [amd64]

• dep: libgomp1 (>= 9)

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libraptor2-0 (>= 2.0.15)

  Бібліотека RDF-синтаксису Raptor 2

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: libtabixpp0t64 (>= 1.0.0)

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: libvcflib2 (>= 1.0.9+dfsg1)

  C++ library for parsing and manipulating VCF files

• dep: libzstd1 (>= 1.5.5)

  fast lossless compression algorithm

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

Завантажити vg

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	56,264.6 kB	204,952.0 kB	[список файлів]
arm64	7,857.1 kB	29,903.0 kB	[список файлів]