Paket: vg (1.59.0+ds-0.1)

[ Quellcode: vg  ]

Werkzeuge zum Arbeiten mit Genom-Variationsgraphen

Datenstrukturen für Variationsgraphen, Austauschformate, Alignment, Genotypisierung und Methoden zum Aufrufen von Varianten

Variationsgraphen liefern eine prägnante Codierung der Sequenzen vieler Genome. Ein Variationsgraph (insbesondere wie in vg implementiert) besteht aus:

 - Knoten, die durch Sequenzen und IDs gekennzeichnet sind
 - Kanten, die zwei Knoten über eines ihrer jeweiligen Enden verbinden
 - Pfade, die Genome, Sequenzalignments und Annotationen (wie Genmodelle
   und Transkripte) als Spaziergänge (walks) durch Knoten, die durch
   Kanten verbunden sind, beschreiben
 .

Dieses Modell ähnelt einer Reihe von Sequenzdiagrammen, die beim Zusammenbau und beim Alignment mehrerer Sequenzen verwendet wurden. Pfade stellen Koordinatensysteme relativ zu den im Diagramm codierten Genomen bereit, sodass stabile Zuordnungen erstellt werden können, selbst wenn die Struktur des Graphen geändert wird.

Andere Pakete mit Bezug zu vg

• dep: libatomic1 (>= 4.8)

  Hilfsbibliothek, die atomare (__atomic) Built-in-Funktionen zur Verfügung stellt

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

  2D-Vektorgrafikbibliothek Cairo

• dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1)

  fast suffix array construction

• dep: libdw1t64 (>= 0.126) [amd64]

  library that provides access to the DWARF debug information

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f)

  library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [amd64]

• dep: libgomp1 (>= 9)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: libraptor2-0 (>= 2.0.15)

  RDF-Syntaxbibliothek Raptor 2

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: libtabixpp0t64 (>= 1.0.0)

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: libvcflib2 (>= 1.0.9+dfsg1)

  C++ library for parsing and manipulating VCF files

• dep: libzstd1 (>= 1.5.5)

  Schneller verlustfreier Komprimierungsalgorithmus

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	56.264,6 kB	204.952,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	7.857,1 kB	29.903,0 kB	[Liste der Dateien]