Package: gmap (2024-11-20+ds-2) [debports]

[ Source:  ]

Opdelt og SNP-overholdende justering for mRNA og korte læsninger

Denne pakke indeholder programmerne GMAP og GSNAP samt redskaber til at håndtere genomdatabaser i GMAP/GSNAP-formatet. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) er et værktøj til at sammenligne EST-, mRNA- og cDNA-sekvenser. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) er et værktøj til at sammenligne single-end og paired-end transkriptom-læsninger. Begge værktøjer kan bruge en database med

 * kendte splice-sider og identify novel splice-sider
 * kendte single-nucleotide polymorphisms (SNPs)

GSNAP kan sammenligne bisulfit-behandlet DNA.

Other Packages Related to gmap

• dep: libbz2-1.0

  højkvalitets bloksorteringsfilpakningsbibliotek - kørselstid

• dep: libc6.1 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download gmap

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	5,233.2 kB	44,708.0 kB	[list of files]