Pakiet: gmap (2024-08-20+ds-1) [debports]

[ Pakiet źródłowy:  ]

Dopasowanie splicingowe i tolerancyjne SNP dla mRNA i krótkich odczytów

Pakiet ten zawiera programy GMAP i GSNAP oraz narzędzia do zarządzania bazami danych genomów w formacie GMAP/GSNAP. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) to narzędzie służące do dopasowywania sekwencji EST, mRNA i cDNA. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) to narzędzie do dopasowywania odczytów transkryptomu z pojedynczym i sparowanym końcem. Obydwa narzędzia mogą korzystać z bazy danych:

 * znanych miejsc splotów i zidentyfikować nowe tego typu miejsca.
 * znanych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP).

GSNAP może wyrównać DNA poddanemu działaniu wodorosiarczynu.

Inne pakiety związane z gmap

• dep: libbz2-1.0

  Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa

• dep: libc6.1 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie gmap

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	5 273,1 KiB	44 635,0 KiB	[lista plików]