Package: python3-shasta (0.12.0-2)

[ Source: shasta  ]

Experimental package

Warning: This package is from the experimental distribution. That means it is likely unstable or buggy, and it may even cause data loss. Please be sure to consult the changelog and other possible documentation before using it.

Nanopore-helgenomsamling - dynamisk bibliotek

De novo-samling fra Oxford Nanopore-læsninger. Formålet med Shasta lang læsnings-samleren er hurtigt at fremstille en præcis samlet sekvens via DNA-læsninger som inddata oprettet af Oxford Nanopore-forløbsceller.

Beregningsmetoder brugt af Shasta-samlerne inkluderer:

 * Brug af en afviklingslængde repræsentation for læsesekvensen. Dette
   gør samlingsprocessen meget modstandsdygtig for fejl i homopolymer
   gentagsantal, der er den hyppigste fejltype i Oxford Nanopore-læsninger.

 * Brug i nogle faser af beregningen en repræsentation af læsningssekvensen
   baseret på markører, et fast undersæt af korte k-mer'er (k ≈ 10).

Shastas samlingskvalitet kan sammenlignes med eller er bedre end samlingskvaliteten opnået af andre lang læsnings-samlere.

Denne pakke indeholder det dynamiske bibliotek, der kan tilgås og importeres i Python.

Other Packages Related to python3-shasta

• dep: libblas3

  Grundlæggende reference-implementeringer til lineær algebra, delt bibliotek

  or libblas.so.3

  Package not available

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0)

  Serialiseringsbibliotek for C++

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

• dep: liblapack3

  Bibliotek for lineære algebrarutiner 3 - delt version

  or liblapack.so.3

  Package not available

• dep: libpng16-16t64 (>= 1.6.2)

  PNG-bibliotek - kørselstid (version 1.6)

• dep: libpython3.12t64 (>= 3.12.7)

  Delt Pythonkørselstidsbibliotek - version 3.12

• dep: libspoa7.0.0 (>= 4.0.5) [amd64]

  SIMD-sammenligningsværktøj for partial order

  dep: libspoa7.0.0 (>= 4.1.4) [arm64]

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• dep: python3 (<< 3.13)

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (>= 3.12~)

Download python3-shasta

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2,197.8 kB	8,205.0 kB	[list of files]
arm64	1,916.0 kB	7,741.0 kB	[list of files]