Пакет: python3-shasta (0.12.0-2)

[ Источник: shasta  ]

Экспериментальный пакет

Предупреждение: данный пакет находится в экспериментальной ветке дистрибутива. Это означает, что он нестабилен или содержит ошибки, и даже может вызвать потерю данных. Перед использованием внимательно прочитайте файл changelog и другую доступную документацию.

nanopore whole genome assembly (dynamic library)

De novo assembly from Oxford Nanopore reads. The goal of the Shasta long read assembler is to rapidly produce accurate assembled sequence using as input DNA reads generated by Oxford Nanopore flow cells.

Computational methods used by the Shasta assembler include:

 * Using a run-length representation of the read sequence. This makes
   the assembly process more resilient to errors in homopolymer
   repeat counts, which are the most common type of errors in Oxford
   Nanopore reads.

 * Using in some phases of the computation a representation of the read
   sequence based on markers, a fixed subset of short k-mers (k ≈ 10).

Shasta assembly quality is comparable or better than assembly quality achieved by other long read assemblers.

This package contains the dynamic library that can be interfaced and imported within Python.

Другие пакеты, относящиеся к python3-shasta

• dep: libblas3

  реализация алгоритмов линейной алгебры — библиотека

  или libblas.so.3

  Пакет недоступен

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  program options library for C++

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0)

  serialization library for C++

• dep: libc6 (>= 2.38)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

• dep: liblapack3

  библиотека подпрограмм линейной алгебры вер. 3 — динамическая версия

  или liblapack.so.3

  Пакет недоступен

• dep: libpng16-16t64 (>= 1.6.2)

  библиотека для работы с PNG версии 1.6 (библиотека времени выполнения)

• dep: libpython3.12t64 (>= 3.12.7)

  Shared Python runtime library (version 3.12)

• dep: libspoa7.0.0 (>= 4.0.5) [amd64]

  SIMD partial order alignment library

  dep: libspoa7.0.0 (>= 4.1.4) [arm64]

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: ncbi-blast+

  поиск первичных биологических последовательностей

• dep: python3 (<< 3.13)

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (>= 3.12~)

Загрузка python3-shasta

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2 197,8 Кб	8 205,0 Кб	[список файлов]
arm64	1 916,0 Кб	7 741,0 Кб	[список файлов]