Package: python3-shasta (0.11.1-1 and others)

[ Source: shasta  ]

Nanopore-helgenomsamling - dynamisk bibliotek

De novo-samling fra Oxford Nanopore-læsninger. Formålet med Shasta lang læsnings-samleren er hurtigt at fremstille en præcis samlet sekvens via DNA-læsninger som inddata oprettet af Oxford Nanopore-forløbsceller.

Beregningsmetoder brugt af Shasta-samlerne inkluderer:

 * Brug af en afviklingslængde repræsentation for læsesekvensen. Dette
   gør samlingsprocessen meget modstandsdygtig for fejl i homopolymer
   gentagsantal, der er den hyppigste fejltype i Oxford Nanopore-læsninger.

 * Brug i nogle faser af beregningen en repræsentation af læsningssekvensen
   baseret på markører, et fast undersæt af korte k-mer'er (k ≈ 10).

Shastas samlingskvalitet kan sammenlignes med eller er bedre end samlingskvaliteten opnået af andre lang læsnings-samlere.

Denne pakke indeholder det dynamiske bibliotek, der kan tilgås og importeres i Python.

Other Packages Related to python3-shasta

• dep: libblas3

  Grundlæggende reference-implementeringer til lineær algebra, delt bibliotek

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

• dep: liblapack3

  Bibliotek for lineære algebrarutiner 3 - delt version

  or liblapack.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libpng16-16 (>= 1.6.2-1)

  PNG-bibliotek - kørselstid (version 1.6)

• dep: libpython3.11 (>= 3.11.0)

  Shared Python runtime library (version 3.11)

• dep: libspoa7.0.0 (>= 4.0.5) [amd64]

  SIMD-sammenligningsværktøj for partial order

  dep: libspoa7.0.0 (>= 4.0.8) [arm64]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• dep: python3 (<< 3.12)

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (>= 3.11~)

Download python3-shasta

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	0.11.1-1+b1	1,961.8 kB	7,622.0 kB	[list of files]
arm64	0.11.1-1+b1	1,721.7 kB	7,081.0 kB	[list of files]