Paquet : python3-shasta (0.12.0-2 et autres)

[ Paquet source : shasta  ]

Paquet « expérimental »

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nanopore whole genome assembly (dynamic library)

De novo assembly from Oxford Nanopore reads. The goal of the Shasta long read assembler is to rapidly produce accurate assembled sequence using as input DNA reads generated by Oxford Nanopore flow cells.

Computational methods used by the Shasta assembler include:

 * Using a run-length representation of the read sequence. This makes
   the assembly process more resilient to errors in homopolymer
   repeat counts, which are the most common type of errors in Oxford
   Nanopore reads.

 * Using in some phases of the computation a representation of the read
   sequence based on markers, a fixed subset of short k-mers (k ≈ 10).

Shasta assembly quality is comparable or better than assembly quality achieved by other long read assemblers.

This package contains the dynamic library that can be interfaced and imported within Python.

Autres paquets associés à python3-shasta

• dep: libblas3

  implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

  ou libblas.so.3

  Paquet indisponible

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliothèque d'options de programmes pour C++

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliothèque de sérialisation pour C++

• dep: libc6 (>= 2.38)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

• dep: liblapack3

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

  ou liblapack.so.3

  Paquet indisponible

• dep: libpng16-16t64 (>= 1.6.2)

  bibliothèque PNG –⋅exécutable (version⋅1.6)

• dep: libpython3.13 (>= 3.13.0~rc3)

  Shared Python runtime library (version 3.13)

• dep: libspoa7.0.0 (>= 4.0.5) [amd64]

  SIMD partial order alignment library

  dep: libspoa7.0.0 (>= 4.1.4) [arm64]

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: python3 (<< 3.14)

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (>= 3.13~)

Télécharger python3-shasta

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	0.12.0-2+b1	2 198,9 ko	8 206,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.12.0-2+b1	1 918,9 ko	7 742,0 ko	[liste des fichiers]