Package: minimap2 (2.24+dfsg-4~0exp and others) [debports]

[ Source:  ]

Experimental package

Warning: This package is from the experimental distribution. That means it is likely unstable or buggy, and it may even cause data loss. Please be sure to consult the changelog and other possible documentation before using it.

Alsidig parvis sammenligner for genomiske og opdelte nukleotide sekvenser

Minimap2 er et alsidigt program til sekvenssammenligning for DNA- eller mRNA-sekvenser mod en stor referencedatabase. Typisk brug inkluderer: (1) oversættelse af PacBio- eller Oxford Nanopore-genomlæsninger til det menneskelige genom; (2) finde overlap mellem lange læsninger med fejlrater op til ~15%; (3) opdelt sammenligning af PacBio Iso-Seq eller Nanopore cDNA- eller Direct RNA-læsninger mod et referencegenom; (4) sammenligning af Illumina enkelte eller parrede læsninger; (5) samling til samling-sammenligning; (6) sammenligning af fuldt genom mellem to tæt relaterede arter med divergens under ~15%.

For ~10kb støjende læsningssekvenser er minimap2 ti gange hurtigere end væsentlige lang læsning-oversættere såsom BLASR, BWA-MEM, NGMLR og GMAP. Programmet er mere præcist på simulerede lange læsninger og fremstiller biologisk meningsfuld sammenligning klar til analyser. For >100bp Illumina-korte læsninger er minimap2 tre gange så hurtig som BWA-MEM og Bowtie2 og ligeså præcis på simulerede data. Detaljerede evalueringer er tilgængelige fra minimap2-søgeren eller fra forhåndsudskrivningen.

Other Packages Related to minimap2

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download minimap2

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
riscv64 (unofficial port)	2.24+dfsg-4~0exp+b1	400.0 kB	499.0 kB	[list of files]